我國魚類育種在過去15年取得了很大成就，采用雜交、群體選育、家系選育和細胞工程等傳統育種技術共培育出60多個魚類新品種，其中絕大多數新品種是針對生長性狀而進行選育的，獲得了一大批生長速度提高10-30%的新品種，推動了我國魚類種業的形成和發展。但近幾年隨著魚類工業化養殖的快速發展，一些問題相繼出現，比如種質退化、生長速度不夠快、養殖周期較長、病害頻發、抗病力下降、養殖成活率低、抗逆能力差以及養殖成本高等問題限制了魚類工業化養殖業的快速發展。工業化養殖對魚類遺傳育種研究和新品種培育提出了更高的要求，不僅要求新品種生長快， 而且還要抗病能力強、耐低氧、耐氨氮能力強、飼料轉化效率高、品質優等，而傳統育種技術存在選育效率不夠高、選育周期較長、難以對生長、抗病、抗逆和品質等數量性狀進行高效選擇等不足，難以滿足工業化養殖對魚類新品種培育的要求。而基因組育種技術是近幾年發展起來的采用基因組信息和基因組技術進行育種的一類分子育種技術，主要包括全基因組選擇和基因組編輯2項技術。這2項技術一經誕生，就展現出其巨大的應用潛力和廣闊的應用前景，目前已成為國內外生物育種最有潛力的現代分子育種技術，是推動生物種業發展的加速器，也是選育適合工業化養殖優良品種的重要技術手段。近4年來，我國相繼完成了半滑舌鰨、鯉魚、大黃魚、草魚、鯽魚、石斑魚、牙鲆、大菱鲆等一批重要養殖魚類全基因組序列的破譯和精細圖譜的繪制，為建立養殖魚類的全基因組選擇和基因組編輯技術奠定了重要基礎。當然，要想為工業化養殖提供優良種質保障，還需要集成應用多種育種生物技術和養殖技術，包括種質鑒定、性別控制、精子冷凍保存、細胞工程育種及病害檢測與防控技術等。本報告將以鲆鰈魚類為例，結合作者團隊在半滑舌鰨和牙鲆全基因組解析、性別控制、基因組編輯與全基因組選擇技術研究與應用方面取得的最新進展，描述了從基因組資源發掘到產業化應用的歷程，展望了工業化養殖時代魚類遺傳育種的研究方向與發展前景。