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在所有的光合放氧生物中，都有葉綠素a 的存在，葉綠素a對太陽光有兩個吸收高峰，分別是440納米附近的藍區和680納米附近的紅區，一個位于藍光區域，一個位于紫光區域，而對于處在500－600納米之間的綠光吸收的甚少，所以我們看到的植物基本上都是綠色。

植物界中，占主導地位的是綠色植物，包括所有的被子植物、裸子植物、蕨類植物、苔蘚植物和藻類植物中的綠藻。它們葉綠體中除含有葉綠素a外，還含有葉綠素b。葉綠素b的吸收高峰也是在藍區和紅區，分別為470納米和650納米，而對于處在500－600納米的綠光同樣很少吸收，絕大部分被反射回來，所以我們在自然界中到處都能看到的這些綠色植物。

當然，綠色植物的顏色也不是一成不變地毫無變化，先不說五顏六色的花和果實，它們的著色是因為含量豐富的胡蘿卜素、花青素和類黃酮等色素以不同的比例組合，以及與復雜的環境條件相互影響的結果，即使綠色植物葉片本身也會表現出不同的顏色，在市場上，我們能經常能看到紫色的甘藍，這是它們細胞中紫色色素占優勢，掩蓋住了葉綠素的顏色。在晚秋初冬，很多種植物的葉片變黃或變紅，這是因為葉綠素的合成受阻，并且開始分解，而原來在葉片中的葉黃素和葉紅素顯現出來的緣故。

植物界中，確有些植物看起來不是純粹的綠色，拿我們最熟悉的兩種海藻―紫菜和海帶來說，它們分別代表紅藻門和褐藻門，前者是紫色的，后者是褐色的，這是它們含有不同的光合色素造成的。

褐藻門、硅藻門、甲藻門等都含有葉綠素c, 它的吸收高峰是460納米和640納米，以及特有的巖藻黃質和甲藻素，它們的吸收高峰是490納米，這樣就使得很大一部分綠光被吸收，所以植物體的顏色就不是純粹的綠色，而是呈現出褐色和黃色。

紅藻中含有一種特殊的輔助色素，這就是藻膽素，它是一種水溶性的輔助色素，可以與藻紅蛋白和藻青蛋白結合，分別叫做藻紅素和藻藍素，藻紅素分別在500納米、540納米和566納米處有3個吸收高峰，結果幾乎所有的綠光都被吸收，所以很多紅藻毫無綠色可言。紅藻能夠吸收綠光，對環境的適應有重要的意義，當陽光中的藍光和紅光大部分被海水濾掉后，生活在海洋深處的紅藻依舊可以利用綠光進行光合作用，美國科學家曾經在水深260多米的海洋中采集到生長良好的紅藻，那里光的強度只相當于海面光強度的萬分之五。在淺海地方，藻藍素的含量要高得多，紅藻光合作用吸收的綠光也就少得多，這里生長的紅藻有時仍呈現出淡淡的綠色。

光合放氧生物中還有一類是藍藻，同紅藻相同，藍藻中也含有藻膽素，但是以藻藍素為主，藻藍素的光譜吸收高峰主要在620納米附近的黃光，因此藍藻的顏色表現出來的是藍綠色。當然，藍藻中也有含藻紅素為主的個別種類，這時，藍藻的顏色就是紅色的，紅海中就生長著大量的紅色藍藻，而使得海水呈現紅色，紅海也因此而得名。

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