1、光合細(xì)菌簡稱PSB，是國內(nèi)最早用于水產(chǎn)養(yǎng)殖的細(xì)菌制劑。光合細(xì)菌是一些能利用光能進(jìn)行不產(chǎn)氧的光合作用的細(xì)菌，革蘭氏陰性，無毒，大多數(shù)為厭氧菌，細(xì)胞內(nèi)有細(xì)菌葉綠素，可在日光下，在無氧條件下以H2S、硫代硫酸根作供氫體，進(jìn)行不產(chǎn)氧的光合作用，植物的光合作用則不同，將兩種反應(yīng)過程比較如下：
植物：
光
CO2 + H2O葉綠素 (CH2O) + O2
細(xì)菌：
光
CO2 + 2H2S細(xì)菌葉綠素 (CH2O) + H2O + 2S
光
2CO2 + S2O32- ＋ 3H2O細(xì)菌葉綠素 2(CH2O)+SO42- + H2SO4
光合細(xì)菌通常不能利用大型有機(jī)物，它能吸收利用水中殘留有機(jī)物經(jīng)異養(yǎng)細(xì)菌分解后產(chǎn)生的有機(jī)物(低級脂肪酸、氨基酸、糖類)、H2S、NH4+等合成菌體，參與水體凈化。作用原理如下圖所示：
光合細(xì)菌體內(nèi)富含蛋白質(zhì)，大量B族維生素、B12、葉酸、生物素等，是魚蝦及餌料生物的優(yōu)質(zhì)餌料，添加于飼料中使動物體色鮮艷，提高孵化率及存活率。因此光合細(xì)菌不僅參與水質(zhì)凈化過程而且還是水域食物鏈的重要環(huán)節(jié)。
2、枯草芽孢桿菌最早被從禾本科植物枯莖葉上分離出來，作為生產(chǎn)蛋白酶的重要菌株。該菌是一種分布廣泛的好氧性細(xì)菌，革蘭氏染色陽性，大小為2～3μm×1μm，短桿狀，無毒性，不產(chǎn)硫化氫，能分泌活性強(qiáng)的酶，快速分解水中有機(jī)質(zhì)。能根據(jù)其周圍基質(zhì)的不同，分泌出不同的消化酶，如蛋白酶、淀粉酶、纖維素酶、脂酶等。當(dāng)水溫25℃左右、溶氧達(dá)4～5×10-6時(shí)出現(xiàn)最大的有機(jī)分解活性。它也能直接利用硝酸鹽及亞硝酸鹽而凈化水質(zhì)。
芽孢桿菌抗逆性很強(qiáng)，耐高溫、耐酸堿、耐擠壓，可加工到顆粒飼料中而不改變活性，能調(diào)節(jié)腸道菌群，維持微生態(tài)平衡，能抑制腸道中的大腸桿菌、沙門氏菌等有害菌群，促進(jìn)乳酸菌成長。由于它能分泌各種消化酶，從而提高飼料轉(zhuǎn)化率和利用率。可提高動物對鈣、磷、鐵的利用，促進(jìn)維生素D的吸收，菌體隨糞便進(jìn)入水體還可繼續(xù)起到凈化水質(zhì)的作用。
3、硝化細(xì)菌是一些能將水中有毒的氨氮轉(zhuǎn)化成無毒的硝酸態(tài)氮的細(xì)菌，其種類較多，形態(tài)各異，有桿菌、球菌及螺旋菌，它們都是好氧細(xì)菌，適宜在中性和偏堿性環(huán)境中生長。其中包括亞硝酸菌屬及硝酸菌屬兩種不同代謝類群，其代謝反應(yīng)如下：
細(xì)菌利用反應(yīng)產(chǎn)生的能量和水中的CO2，制造自身的有機(jī)物。銨被硝化細(xì)菌氧化成亞硝酸，隨后又被氧化成硝酸的反應(yīng)稱為硝化反應(yīng)。硝化反應(yīng)最佳pH在7～9之間，pH降低會影響氨氮氧化，反之pH升高則NH3增加，也會抑制其硝化作用。
硝化作用是一種氧化作用，在溶氧充足的條件下效率最高。硝化細(xì)菌在9～35℃間均可進(jìn)行硝化反應(yīng)，5℃以下硝化作用停止。通常海水硝化細(xì)菌在30～35℃活性最高，淡水硝化細(xì)菌以30℃最高。
4酵母菌與細(xì)菌不同，它具有真正的細(xì)胞核，屬于單細(xì)胞真菌類微生物，其形態(tài)多為圓形、半圓形或圓柱形，直徑為1～5μm。一般喜歡偏酸性環(huán)境，不耐熱，致死溫度50～60℃左右，適溫在20～35℃。大部分酵母菌為發(fā)酵性菌，厭氧條件下，將淀粉經(jīng)解醣作用產(chǎn)生丙酮酸，在好氧條件下，產(chǎn)生CO2及H2O。在維生素存在情況下也能將硝酸鹽還原成氨當(dāng)作氮源吸收而凈化水質(zhì)，其作用如下：
酵母菌富含動物所需的多種營養(yǎng)成份，其維生素含量比魚粉高30倍，VB儲含量更高，氨基酸含量豐富，而且比例適當(dāng)，廣泛用于飼料添加和水質(zhì)調(diào)節(jié)劑。海洋紅酵母等活體酵母因其大小適口，營養(yǎng)豐富，直接應(yīng)用于育苗池作為海洋動物幼體的開口餌料及餌料動物培養(yǎng)。
酵母菌的細(xì)胞壁含有多種聚糖，由其提取的免疫多糖是有效的水產(chǎn)動物免疫增強(qiáng)劑。
5、蛭弧菌
為弧形革蘭氏陰性桿菌，廣泛分布于水域土壤及動物體內(nèi)，大小0.2～0.25μm×0.5～1.4μm，極生單鞭毛，運(yùn)動活躍。
蛭弧菌是一種寄生于細(xì)菌的細(xì)菌，能以自身的吸附器附于寄主菌的細(xì)胞壁上，并迅速地鉆入寄主細(xì)胞內(nèi)，利用寄主的營養(yǎng)生長、繁殖，最后導(dǎo)致寄主菌裂解。蛭弧菌對寄主有選擇性，它專以弧菌、假單胞菌、氣單胞菌、愛德華氏菌等革蘭氏陰性菌為寄主，對致病菌的裂解能力較強(qiáng)，海淡水中均能生長繁殖，pH適應(yīng)范圍3～9.8，生長水溫4～43℃，最適生長水溫20～30℃，在水產(chǎn)品育苗和養(yǎng)成生產(chǎn)上應(yīng)用效果都不錯(cuò)。
6、 EM菌制劑
EM為有效微生物群的英文縮寫，由日本比嘉照夫研制，已傳播推廣到幾十個(gè)國家。它是由光合細(xì)菌、乳酸菌、酵母菌、放線菌、絲狀菌等五大類菌群中80余種有益菌種復(fù)合培養(yǎng)而成。各種菌在各自生長過程中產(chǎn)生的有益物質(zhì)可互為生長基礎(chǔ)，并形成共同增殖關(guān)系，其組成非常復(fù)雜，但性質(zhì)穩(wěn)定。在水產(chǎn)養(yǎng)殖上既可作餌料添加劑，也可作水質(zhì)改良劑直接投放入池水中。在分解有機(jī)物，改善生態(tài)環(huán)境，促進(jìn)水產(chǎn)品生長發(fā)育和防治病害方面均有顯著效果。