衡水湖國家級水產種質資源保護區總面積2125公頃，其中核心區面積為700公頃，實驗區面積為1425公頃。主要保護對象為紅鰭原鲌、鯽魚、日本沼蝦、秀麗白蝦等，其他保護對象包括蓮藕、蘆葦等。
2.白洋淀國家級水產種質資源保護區
白洋淀國家級水產種質資源保護區總面積8144公頃，其中核心區面積1063公頃，實驗區面積7081公頃。特別保護期為4月1日—10月31日。主要保護對象是青蝦、黃顙魚、烏鱧、鱖魚，其他保護物種包括鱉、團頭魴、田螺、中華絨螯蟹等。
3.秦皇島海域國家級水產種質資源保護區
秦皇島海域國家級水產種質資源保護區總面積3125公頃，其中核心區面積613公頃，實驗區面積2512公頃。特別保護期為3月1日—7月31日。保護區內除核心區外為實驗區。主要保護對象為褐牙鲆、紅鰭東方魨、刺參，其他保護對象包括三疣梭子蟹、日本蟳、長蛸、短蛸、黑鮶、文蛤等。
4.沁河特有魚類國家級水產種質資源保護區
沁河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積1760 公頃，其中核心區面積300 公頃，實驗區面積1460 公頃。特別保護期為全年。保護區地處山西省安澤縣的沁河段，位于安澤縣雙頭村主要保護對象為烏蘇里擬鲿、唇魚骨，其它保護對象包括鯰、鯽、鯉等。
5.松花江頭道江特有魚類國家級水產種質資源保護區
松花江頭道江特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積12.99萬公頃，其中核心區面積2.72萬公頃，實驗區面積10.27萬公頃。特別保護期為全年。保護區地處吉林省撫松縣境內頭道松花江上游。主要保護對象是哲羅魚、東北蝲蛄，其他保護對象包括細鱗魚、花羔紅點鮭、雷氏七鰓鰻等。
6.黑龍江呼瑪灣特有魚類國家級水產種質資源保護區
黑龍江呼瑪灣特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積1750公頃，其中核心區面積1230公頃，實驗區面積520公頃。特別保護期為6月11日—7月31日。保護區位于黑龍江省呼瑪縣境內三卡鄉.主要保護對象為唇魚骨、銀鲴，其他保護對象包括史氏鱘、達氏鰉、哲羅魚、細鱗魚、雅羅魚、江鱈等。
7.海浪河特有魚類國家級水產種質資源保護區
海浪河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積612公頃，其中核心區面積261公頃，實驗區面積351公頃。特別保護期為4月20日—10月31日。保護區位于黑龍江省海林市長汀鎮境內的海浪河河段，距長汀鎮4公里，距海林市60公里。主要保護對象為黑龍江茴魚、細鱗魚，其他保護對象包括雅羅魚、哲羅魚、江鱈、唇魚骨、黃顙魚、雷氏七鰓鰻、泥鰍等。
8.駱馬湖國家級水產種質資源保護區
駱馬湖國家級水產種質資源保護區總面積3160公頃，其中核心區面積1000公頃，實驗區面積2160公頃。特別保護期為全年。保護區位于江蘇省宿遷市、新沂市交界處駱馬湖三場附近水域。主要保護對象是鯉魚和鯽魚，其他保護對象包括黃顙魚、紅鰭鲌、翹嘴鲌、沙塘鱧、鱖魚、烏鱧、青蝦、螺、蜆等。
9.滆湖國家級水產種質資源保護區
滆湖國家級水產種質資源保護區總面積2700公頃，其中核心區面積404公頃，實驗區面積2296公頃。特別保護期為全年。保護區位于江蘇省常州市滆湖湖心至東岸區域。主要保護對象為黃顙魚、青蝦、蒙古鲌、翹嘴鲌、鯽魚和烏鱧，其他保護對象有青魚、草魚、鰱、鳙、團頭魴、鱤、三角帆蚌、蘆葦、蓮藕、芡實、菱等。
10.長蕩湖國家級水產種質資源保護區
長蕩湖國家級水產種質資源保護區總面積2500公頃，其中核心區面積1000公頃，實驗區面積1500公頃。特別保護期為全年。保護區位于江蘇省金壇、溧陽兩市境內，集中在長蕩湖中心湖區，。保護區主要保護對象為青蝦，其他保護對象包括鯉魚、鯽魚、烏鱧、紅鰭鲌、黃顙魚、鱖魚等。
11.邵伯湖國家級水產種質資源保護區
邵伯湖國家級水產種質資源保護區總面積4638公頃，其中核心區面積365公頃，實驗區面積4273公頃。特別保護期為全年。保護區位于江蘇省揚州市邗江區、江都市境內。主要保護對象為三角帆蚌，其他保護對象包括環棱螺、河蜆、褶紋冠蚌、無齒蚌、麗蚌等淡水貝類。
12.長漾湖國家級水產種質資源保護區
長漾湖國家級水產種質資源保護區總面積930公頃，其中核心區面積270公頃，實驗區面積660公頃。特別保護期為全年。保護區位于江蘇省吳江市境內，橫跨平望、七都、震澤、橫扇四鎮。主要保護對象為蒙古鲌、花魚骨，其它保護對象包括太湖銀魚、翹嘴鲌、秀麗白蝦、青蝦、鯉、鯽、鳊、青魚、草魚、鰱、鳙、黃顙魚、沙鱧、中華絨螯蟹、中華鱉等。
13.千島湖國家級水產種質資源保護區
千島湖國家級水產種質資源保護區總面積6667公頃，其中核心區面積1000公頃，實驗區面積5667公頃。特別保護期為全年。保護區地處浙江省杭州市淳安縣境內千島湖西北湖區。主要保護對象為黃尾密鲴、細鱗斜頜鲴，其他保護對象包括翹嘴紅鲌、蒙古紅鲌、光唇魚、唇魚骨、大眼華鳊等。
14.東西苕溪國家級水產種質資源保護區
東西苕溪國家級水產種質資源保護區總面積1500公頃，其中核心區面積200公頃，實驗區面積1300公頃。特別保護期為全年。保護區地處浙江省湖州市南太湖流域的東西苕溪。主要保護對象是翹嘴鲌、青蝦，其他保護對象包括鱖魚、烏鱧、沙塘鱧、鰻、花魚骨、莼菜，野菱和蓮等。
15.徽水河特有魚類國家級水產種質資源保護區
徽水河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積679.6公頃，其中核心區面積288.2公頃，實驗區面積391.4公頃。特別保護期為4月1日—10月31日。保護區位于安徽省旌德縣徽水河及其12條支流，由26個拐點沿河道方向順次連線所圍區域。。主要保護對象為烏龜、中華鱉，其他保護物種包括光唇魚、黃鱔、泥鰍、黃顙魚等。
16.長江安慶段四大家魚國家級水產種質資源保護區
長江安慶段四大家魚國家級水產種質資源保護區總面積3800公頃，其中核心區面積2800公頃，實驗區面積1000公頃。特別保護期為3月1日—7月31日。保護區位安徽省宿松縣和望江縣，具體為宿松縣小孤山渡口至望江縣雷池閘50公里江段。主要保護對象為青魚、草魚、鰱、鳙“四大家魚”，其它保護對象包括大口鲇、長吻鮠、鱖、黃顙魚、刀鱭、江黃顙、翹嘴鲌等。
17.閶江特有魚類國家級水產種質資源保護區
閶江特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積2000公頃，其中核心區面積600公頃，實驗區面積1400公頃。特別保護期為4月1日—8月31日。保護區位于安徽省祁門縣，河流長度104公里。主要保護對象為光倒刺鲃、光唇魚，其他保護對象包括花魚骨、黃顙魚、吻鮈、伍氏華鳊、沙塘鱧等。
18.城西湖國家級水產種質資源保護區
城西湖國家級水產種質資源保護區總面積1333.33公頃，其中核心區面積333.33公頃，實驗區面積1000公頃。特別保護期為5月1日—6月30日。保護區位于安徽省霍邱縣城西湖上游中段。保護區主要保護對象為青蝦，其他保護物種包括秀麗白蝦、鯽魚、鯉魚、河蜆、中華絨螯蟹、中華鱉、草魚等。
19.萍水河特有魚類國家級水產種質資源保護區
萍水河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積8500公頃，其中核心區面積3300公頃，實驗區面積5200公頃。特別保護期為3月20日—6月30日。保護區位于江西省萍鄉市境內的萍水河及其主要支流。主要保護對象為黃尾密鲴，其他保護對象有細鱗斜頜鲴、黃顙魚、鯉、鯽等。
20.萬年河特有魚類國家級水產種質資源保護區
萬年河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積201公頃，其中核心區面積68公頃，實驗區面積133公頃。特別保護期為3月15日—6月20日。保護區位于江西省萬年縣行政區域內。主要保護對象為三角帆蚌、褶紋冠蚌、河蜆、黃顙魚、鯰魚、鳑鲏魚等，其他保護對象有鯉、鯽、鰱、鳙、草、青、鳡、赤眼鱒、團頭魴等16種及菱、蘆葦、芡實等水生植物6種。
21.濊水特有魚類國家級水產種質資源保護區
濊水特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積1030公頃，其中核心區面積為320公頃，實驗區面積為710公頃。特別保護期為2月16日—7月31日。保護區位于江西省贛州市興國縣境內，距縣城20公里。主要保護對象為興國紅鯉、鯉、鯽、刺鲃、魴、黃顙魚、草魚、黃鱔、烏鱧、鰕虎魚、吻鮈、鲌類等，其他保護對象包括鳑鲏、鯝魚、鰱、鳙、鯰魚、泥鰍、麥穗魚、餐條、蛇鮈、馬口魚等。
22.信江特有魚類國家級水產種質資源保護區
信江特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積3123公頃，其中核心區面積712公頃，實驗區面積2411公頃。特別保護期為4月1日—9月30日。保護區位于江西省上饒市弋陽縣境內的信江。主要保護對象為烏龜、中華鱉、翹嘴紅鮊、大鰭鳠，其他保護對象包括鯉形目、鯰形目、鱸形目、鳉形目、合鰓目、鮭形目等8目16科98種魚類及螺、蚌、蝦、甲魚、龜、蛙等。
23.靖子灣國家級水產種質資源保護區
靖子灣國家級水產種質資源保護區總面積2513.251公頃，其中核心區面積為617.918公頃，實驗區面積為1895.333公頃。特別保護期為11月1日—翌年5月31日。保護區位于山東省威海市環翠區孫家疃鎮。主要保護對象為花鱸，其他保護對象有六線魚、許氏平鮋、三疣梭子蟹等。
24.乳山灣國家級種質資源保護區
乳山灣國家級種質資源保護區總面積203.474公頃，其中核心區面積99.699公頃，實驗區面積103.775公頃。在乳山灣泥蚶繁殖期及幼蟲附著期對其種質資源進行特別保護，特別保護期時間為7月1日至9月30日。保護區位于山東省乳山市轄區內的乳山灣東流區海域，西起寨前南咀，呈帶狀分布，向東北方向延伸至鄒格莊以北海域，由七個拐點連線圍成的乳山灣東流區海域。主要保護對象為泥蚶，其它保護對象有縊蟶、菲律賓蛤仔、蜢子蝦、白姑魚、短吻紅舌鰨、木葉鰈等。
25.前三島海域國家級水產種質資源保護區
前三島海域國家級水產種質資源保護區總面積1798公頃，其中核心區面積為743公頃，實驗區面積為1055公頃。特別保護期為每年4月1日—7月31日。保護區位于山東省日照嵐山頭外海，東南距前三島（平島、車牛山島、達山島）22海里，西南距嵐山頭13公里，西北距日照市東港區濤雒鎮趕海園12公里。該海域水深、底質適宜，基礎餌料豐富，是金烏賊集中產卵場。。主要保護對象為金烏賊，其他保護對象包括帶魚、藍點馬鮫、黃姑魚、星鰻、鳀魚、梭魚、對蝦、毛蝦、蝦蛄、鷹爪蝦、大竹蟶和西施舌等。
26.小石島刺參國家級水產種質資源保護區
小石島刺參國家級水產種質資源保護區總面積471公頃，其中核心區面積165公頃，實驗區面積306公頃。特別保護期為全年。保護區位于山東省威海市東北海域，海岸線東起威海國際海水浴場煙墩山，西至小石島漁碼頭，往西南至負12米等深線。。保護區除核心區外其他區域為實驗區。主要保護對象為刺參，其他保護動對象包括海膽、鮑魚、大葉藻等。
27.桑溝灣國家級水產種質資源保護區
桑溝灣國家級水產種質資源保護區總面積1072.9公頃，其中核心區面積474.0公頃，實驗區面積598.9公頃。特別保護期為全年。保護區位于山東省威海市東南海域桑溝灣內，向岸一側南起鵓鴿島西北，北至八畝地，向東延伸3.9公里，然后拐向南延伸2.7公里。保護區各拐點坐標分別為（122°27′56.45"E，37°04′42.40"N。主要保護對象為魁蚶，其他保護對象包括扇貝、海帶、裙帶菜、海膽、石花菜等。
28.南灣湖國家級水產種質資源保護區
南灣湖國家級水產種質資源保護區總面積3600公頃，其中核心區面積210公頃，實驗區面積3390公頃。特別保護期為每年的4月1日至7月30日。保護區地處河南省信陽市南灣湖。主要保護對象為翹嘴鲌，其他保護對象包括鰱、鳙、青魚、草魚、黃顙魚、鱖魚、鯽魚、鯰魚、鯉魚、青蝦等。
29.丹江特有魚類國家級水產種質資源保護區
丹江特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積10168公頃，其中核心區面積8708公頃，實驗區面積1460公頃。特別保護期為每年的4月1日—6月30日。保護區地處河南省淅川縣南20公里的丹江口水庫上游馬蹬開闊帶。主要保護對象為細鱗斜頜鲴，其他保護對象包括青蝦、三角帆蚌、黃顙魚、團頭魴、鯉、翹嘴紅鲌、鯰魚、蒙古紅鲌、紅鰭鲌、赤眼鱒、黃尾密鲴等 。
30.太白湖國家級水產種質資源保護區
太白湖國家級水產種質資源保護區總面積2560.39公頃，其中核心區712.91公頃，實驗區1847.48公頃。特別保護期為每年4月1日至6月30日。保護區位于湖北省黃岡市。主要保護對象為翹嘴鲌、鳤、鳡、鱖、日本沼蝦，其他保護對象包括棲息在保護區內的其他國家級或省級重點保護水生生物。
31.長江監利段四大家魚國家級水產種質資源保護區
長江監利段四大家魚國家級水產種質資源保護區總面積15996 公頃，其中核心區面積6294公頃，實驗區9702公頃。特別保護期為4月1日—6月30日。保護區位于湖北省監利縣長江江段。主要保護對象為青魚、草魚、鰱、鳙“四大家魚”，其他保護對象為保護區內的其它水生生物。
32.丹江鲌類國家級水產種質資源保護區
丹江鲌類國家級水產種質資源保護區總面積10000公頃，其中核心區面積3000公頃，實驗區面積7000公頃。特別保護期為4月1日—6月30日。保護區位于湖北、河南兩省交界處，具體位置在丹江口水庫的丹江口市管轄水域。主要保護對象為翹嘴鲌、蒙古鲌、擬尖頭鲌、紅鰭鲌，其他保護對象為保護區內的其他水生生物。
33.皤河特有魚類國家級水產種質資源保護區
皤河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積615公頃，其中核心區面積348公頃，實驗區面積267公頃。特別保護期為3月1日—7月31日。保護區位于湖北省赤壁市境內。主要保護對象為司氏魚央
、尖頭大吻魚歲 、中華沙塘鱧、波氏吻蝦虎魚、寬鰭鱲等特有魚類，其他保護對象為保護區內的其他水生生物。
34.沅水特有魚類國家級水產種質資源保護區
沅水特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積8320公頃，其中核心區面積3354公頃，實驗區面積4966公頃。特別保護期為全年。保護區地處湖南省懷化市沅水中上游段。主要保護對象為沅水鯪和大口鯰，其他保護對象保護白甲魚、瓣結魚、湖南吻鮈、鯉、鯽、長春鳊、團頭魴等。
35.澧水源特有魚類國家級水產種資源保護區
澧水源特有魚類國家級水產種資源保護區總面積1970公頃，其中核心區面積450公頃，實驗區面積1520公頃。特別保護期為每年的4月1日—8月31日。保護區地處湖南省西北部內半縣，位于澧水源三條源流，即澧水北源、中源、南源，涉及13個鄉鎮行政區。主要保護對象為鱖魚和黃顙魚，鱖魚類主要有翹嘴鱖、大眼鱖、長吻鱖、魯氏鱖、斑鱖、波紋鱖等物種；黃顙魚類包括長須黃顙魚、瓦氏黃顙魚、光澤黃顙魚等。其他保護對象包括大鯢、小鯢、蠑螈、巖蛙、中華鱉、大口鯰魚、耙巖鰍、翹嘴紅鲌、刁子魚、青蝦、米蝦、河蟹等。
36.西江肇慶段國家級水產種質資源保護區
西江肇慶段國家級水產種質資源保護區總面積1310公頃，其中核心區面積343公頃，實驗區面積967公頃。特別保護期為1月1日—6月30日。保護區地處西江廣東省肇慶市河段。主要保護對象是鯉魚，其他保護對象包括南方波魚、擬細鯽、廣東魴、海南紅鮊、大鱗白魚、側條光唇魚、卷口魚、斑鳠、異華鯪、四須盤鮈、須鯽、西江鲇、中間黃顙、縱帶鮠、長臀鮠等。
37.北江英德段國家級水產種質資源保護區
北江英德段國家級水產種質資源保護區總面積860.50公頃，其中核心區面積315.6公頃，實驗區面積544.9公頃。特別保護期為4月1日—9月30日。保護區地處廣東省英德市的北江江段。主要保護對象是鱖魚、黿等，其他保護對象包括黃顙魚、鯉、鯽、鯪、廣東魴、青魚、鰻鱺、花鱸、班鳠和鱉類等。
38.西江梧州段國家級水產種質資源保護區
西江梧州段國家級水產種質資源保護區總面積1564公頃，其中核心區面積360公頃，實驗區面積1204公頃。特別保護期為4月1日—7月31日。保護區地處廣西壯族自治區梧州市的西江段。主要保護對象是鯪、鳡，其他保護對象包括銀鲴、日本鰻鱺、赤眼鱒、青魚、草魚、鳤、紅鰭原鲌、海南紅鲌、倒刺鲃、鳙、鰱、鯉、黃顙魚、大眼鱖、斑鱧、月鱧、黃鱔、花鱸等。
39.萬泉河國家級水產種質資源保護區
萬泉河國家級水產種質資源保護區總面積3248公頃，其中核心區面積1020公頃，實驗區面積2228公頃。特別保護期為每年1月1日—7月31日。保護區地處海南省萬泉河瓊海段。主要保護對象是萬泉河尖鰭鯉和花鰻鱺，其他保護對象包括頭條波魚、擬細鯽、黃尾鲴、銀鲴、鳙魚、刺鰭鰟鮍、海南華鳊、光倒刺耙、鋸倒刺耙、胡子鯰、月鱧、攀鱸、大刺鰍等。
40.嘉陵江合川段國家級水產種質資源保護區
嘉陵江合川段國家級水產種質資源保護區總面積2788.6公頃，其中核心區面積933.0公頃，實驗區面積 1855.6公頃。特別保護期為每年的2月1日—6月30日。保護區位于嘉陵江重慶市合川區境內，保護區河流總長度63.3千米。主要保護對象為南方大口鯰，其他保護對象包括中華倒刺鲃、厚頜魴、白甲魚、黃顙魚、華鯪等。
41.梓江國家級水產種質資源保護區
梓江國家級水產種質資源保護區總面積800公頃，其中核心區面積420公頃，實驗區面積380公頃。特別保護期為全年。保護區地處四川省綿陽市鹽亭縣的梓江河段。主要保護對象為鱖、黃顙魚、中華倒刺鲃，其它保護對象包括翹嘴鲌、烏鱧、細鱗斜頜鲴、鯉、鯽等。
42.儀隴河特有魚類國家級水產種質資源保護區
儀隴河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積977公頃，其中核心區面積587公頃，實驗區面積390公頃。特別保護期為全年。保護區位于四川省儀隴縣儀隴河銅鼓鄉嚴家村五社橋、五福鎮筍店村橋至雙勝鎮鐘鳴村龍崗河橋之間。。主要保護對象為中華鱉、烏龜，其他保護對象為南方大口鯰、鱖、黃顙魚、烏鱧、鯉、鯽等。
43.濛溪河特有魚類國家級水產種質資源保護區
濛溪河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積232公頃，其中核心區面積168公頃，實驗區面積64公頃。特別保護期為全年。保護區地處四川省資中縣沱江主要支流濛溪河，河流全長37公里。主要保護對象是南方大口鯰，其它保護對象包括鱖、鯽、黃顙魚、中華鱉、中華倒刺鲃等。
44.錦江河特有魚類國家級水產種質資源保護區
錦江河特有魚類水產種質資源保護區總面積980公頃，其中核心區面積600公頃，實驗區面積380公頃。特別保護期為每年的3月1日—7月31日。保護區地處貴州省銅仁市錦江河段。保護區內主要保護對象是黃顙魚、鱖魚，其它保護對象包括鯉、鯽、草魚、青蝦、中華鱉等。
45.蒙江壩王河特有魚類國家級水產種質資源保護區
蒙江壩王河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積1277公頃，其中核心區面積503公頃，實驗區面積774公頃。特別保護期為全年。保護區位于珠江水系的紅水河上游。主要保護對象為斑鳠，其他保護對象包括南方白甲魚、多耙光唇魚、大鱗細齒塘鱧等。
46.滇池國家級水產種質資源保護區
滇池國家級水產種質資源保護區總面積1865.3公頃，其中核心區面積1832公頃，實驗區面積33.3公頃。特別保護期為1月1日—5月31日。保護區位于昆明市。核心區分為兩部分，第一部分是盤龍江上游的牧羊河、冷水河（沿河岸垂直外延100米區域），第二部分是滇池周邊9個龍潭涌泉為圓心、半徑200米區域。。主要保護對象是滇池金線鲃，其他保護物種有昆明裂腹魚、云南光唇魚、云南盤鮈、昆明高原鰍、橫紋南鰍、側紋云南鰍、細頭鰍、鯽魚等。
47.撫仙湖特有魚類國家級水產種質資源保護區
撫仙湖特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積10580公頃，其中核心區面積500公頃，實驗區面積10080公頃。特別保護期為每年的3月1日至8月31日。保護區位于云南省玉溪市境內，居滇中盆地中心，跨澄江、江川和華寧三縣。主要保護對象是 魚康魚郎白魚，其他保護物種包括云南倒刺鲃、撫仙金線鲃、青蝦、草魚、鯽、鯉、鰱等。
48.白水江特有魚類國家級水產種質資源保護區
白水江特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積約213.5公頃，其中核心區面積75公頃，實驗區面積138.5公頃。特別保護期為每年的7月1日—8月30日和12月1日—次年1月30日。保護區位于云南省昭通市彝良縣牛街鎮境內。主要保護對象是大鯢，其他保護對象包括紅尾副鰍、戴氏山鰍、長薄鰍、小眼薄鰍、云南盤鮈等。
49.嘉陵江源特有魚類國家級水產種質資源保護區
嘉陵江源特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積2235 公頃。其中核心區面積1189 公頃，實驗區面積1046公頃。特別保護期為每年4月20日—9月20日。保護區位于秦嶺南麓，陜西省鳳縣境內嘉陵江源。主要保護對象是唇魚骨，其他保護對象包括多鱗鏟頜魚、鲇魚、山溪鯢、中國林蛙等。
50.輞川河特有魚類國家級水產種質資源保護區
輞川河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積4237公頃，其中核心區面積2735.2公頃，實驗區面積1501.8公頃。特別保護期為每年4月6日—8月31日。保護區位于陜西省西安市藍田縣境內輞川河流域。主要保護對象是鲇魚，其他保護對象包括多鱗鏟頜魚、唇魚骨、鯉、鯽、黃顙魚、盎堂擬鲿、山溪鯢、大鯢、中國林蛙等。
51.永寧河特有魚類國家級水產種質資源保護區
永寧河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積5580公頃，其中核心區面積為3070公頃，實驗區面積為2510公頃。特別保護期為全年。保護區位于甘肅省隴南市徽縣榆樹鄉北部云霧山南麓的通中河及其兩岸支流河溝和峽谷。主要保護對象為重口裂腹魚，其他保護對象包括齊口裂腹魚、中華裂腹魚、多鱗鏟頜魚、白甲魚、鯽魚、鯰魚、寬鰭鰱、泥鰍、中華花鰍、雜色條鰍等。
52.白龍江特有魚類國家級水產種質資源保護區
白龍江特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積8979.4公頃，其中核心區面積7363.5公頃，實驗區面積1615.9公頃。特別保護期為4月1日—8月31日。保護區位于甘肅省迭部縣境內白龍江水系及其主要支流。主要保護對象為重口裂腹魚、骨唇黃河魚，其他保護對象包括中華裂腹魚、裸裂尻魚、高原鰍、水獺等。
53.洮河特有魚類國家級水產種質資源保護區
洮河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積7518.1公頃，其中核心區面積5939.3公頃，實驗區面積1578.8公頃。特別保護期為每年的4月20日—8月30日。保護區位于甘肅省甘南藏族自治州卓尼縣境內。主要保護對象為厚唇重唇魚、裸裂尻魚、扁咽齒魚、中華裂腹魚、花斑裸鯉和岷山高原鰍、硬翅高原鰍、狀體高原鰍、黑體高原鰍以及國家二級重點保護水生野生動物水獺、甘肅省重點保護水生動物西藏山溪鯢等。
54.黃河尖扎段特有魚類國家級水產種質資源保護區
黃河尖扎段特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積9732公頃，其中核心區面積3797公頃，實驗區面積5935公頃。特別保護期為全年。保護區地處青海省尖扎縣境內的黃河干流及其支流。主要保護對象是黃河裸裂尻魚、擬鯰高原鰍，其他保護對象包括骨唇黃河魚、厚唇重唇魚、花斑裸鯉、極邊扁咽齒魚、黃河雅羅魚等。
55.喀納斯湖特有魚類國家級水產種質資源保護區
喀納斯湖特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積為4573公頃，其中核心區1800公頃，實驗區2773公頃。特別保護期為5月25日—7月10日。保護區位于新疆阿勒泰地區阿爾泰山深處，是我國最深的高山冷水湖，系布爾津河河源。主要保護對象為哲羅魚，其他保護物種包括細鱗鮭、北極茴魚、江鱈等。
56.葉爾羌河特有魚類國家級水產種質資源保護區
葉爾羌河特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積7196公頃，其中核心區面積2078公頃，實驗區面積5118公頃。特別保護期為每年4月10日—7月10日。保護區位于塔什庫爾干自治縣大同鄉以北，阿克陶縣庫斯拉甫鄉以西。保護區主要保護對象為塔里木裂腹魚、斑重唇魚，其他保護對象包括寬口裂腹魚、扁嘴裂腹魚、厚唇裂腹魚、重唇裂腹魚、葉爾羌高原鰍、長身高原鰍、隆額高原鰍等。
57.呂泗漁場小黃魚銀鯧國家級水產種質資源保護區
呂泗漁場小黃魚銀鯧國家級水產種質資源保護區總面積為135萬公頃，其中核心區面積為71.8萬公頃，實驗區面積為63.2萬公頃。特別保護期為每年的5月1日至9月16日。保護區位于黃海南部，以呂泗漁場為基礎。主要保護對象有小黃魚、銀鯧、大黃魚、帶魚、灰鯧、藍點馬鮫、哈氏仿對蝦、葛氏長臂蝦等重要經濟魚類，其他保護對象包括海蜇、海鰻、鰳魚、鮐魚、黃鯽、鮸魚、黃鮟鱇、棘頭梅童魚、黑鰓梅童魚、黃姑魚、半滑舌鰨、刀鱭、鳳鱭、鳀、遠東擬沙丁魚、鮻、中華管鞭蝦、三疣梭子蟹、紅線黎明蟹、日本蟳、口蝦蛄、雙喙耳烏賊、脊尾白蝦、鷹爪糙對蝦、三疣梭子蟹、日本蟳、雙齒圍沙蠶、烏賊等。（農業部漁業政務網）
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