光合細菌作為兼性厭氧菌，在水產養殖中，能夠降解水體中的亞硝酸鹽、氨氮、硫化物等有毒物質，實現充當餌料、凈化水質、預防疾病、作為飼料添加劑等功能。光合細菌適應性強，能忍耐高濃度的有機廢水，具有較強的分解轉化能力。它的諸多特性，使其在無公害水產養殖中具有巨大的應用價值。其作用主要有：
1、凈化水質。高密度養殖的水體中，含有大批的魚類糞便和殘餌，以及魚藥的殘留物，腐爛后產生的有害物質直接污染水體和底泥。兼厭氧的光合細菌是改良水質的主要起因，其在分解有機質時不產生有害物質，并且還能利用有害物質作為營養源，長成對自己有益的細胞；當形成優勢群體后，還能競爭性地抑制病原微生物的生長，降低感染率，從而凈化水質使魚類健康生長。
2、維持微生態平衡。養殖的水體中存在微生物有一種叫“條件致病微生物”，即正常情況下，這類微生物不致病，但在水質惡化，魚類免疫力下降時，會大量滋生而損害魚類。自然界中病原微生物必須在水體中達到一定濃度，才能導致魚類發病，此濃度為“發病臨界點”。在漁業生產中，控制病原微生物的濃度，使其達不到發病臨界點，是健康養殖的關鍵。
光合細菌可以抑制消毒殺菌劑的缺陷，經過降解或消除水體中包括魚藥在內的有害化學物質，與病原微生物爭奪營養與生存空間，使其無法大批滋生，不易形成致病的環境條件。
3、培養浮游動物作餌料。 光合細菌營養豐富，可成為浮游動物的優質餌料。實踐證明，水體中光合細菌越多，浮游動物生長越茂盛，以浮游動物為食的魚類增產效果越明顯，如蝦、蟹等。此外，光合細菌是剛孵化后，還不能主動捕食的仔魚最合適的餌料。
4、飼料添加劑。一般配合飼料中的活性營養成分較少，餌料系數較高。光合細菌作為優質的飼料添加劑，含有大批的促長因子和生理活性物質，營養豐盛。拌入飼料后，可以彌補和增長飼料的營養成分、降低餌料系數。
5、間接增氧。光合細菌分解有機質進行生長時，雖然不釋放氧氣，但也不需要氧氣，可以節省好氧微生物分解有機質時所需的氧，產生間接增氧的作用。
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