1、藻類毒素：
養殖過程中，藻類死亡分解產生的毒素;或者有害藻類大量繁殖產生毒素等(如微囊藻等藍藻類、裸甲藻類、魚腥藻、膝溝藻等對養殖危害極大的藻類)，主要是神經毒素和肝毒素。
神經毒素使養殖動物神經麻痹，導致反應遲鈍、痙攣抽搐、呼吸系統麻痹、呼吸困難等，嚴重者死亡;肝毒素導致養殖動物肝中毒，引起肝胰臟腫大、萎縮、壞死等一系列生理障礙。
2、微生物毒素：
主要是病原毒細菌的內毒素、外毒素和真菌毒素。如黃曲霉素、嘔吐毒素等。
3、有機物分解過程中的有毒有害中間產物和最終產物：如：氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫、組胺、吲哚等。
4、養殖過程中藥物使用：
養殖過程中使用的消毒劑、殺蟲劑、抗菌藥、過量施肥或過量使用化肥等。所謂“是藥三分毒”，這些藥物在使用過程中對魚蝦產生毒副作用。在藥物使用后，本身有毒性殘留或者本身無毒但與水體的其他物質反應產生新的有毒物質。
這些有毒物質，導致養殖動物肝胰臟功能受損，引起慢性中毒，抵抗力下降，繼發感染各種病毒細菌，甚至死亡。
養殖過程中容易產生“有毒”危害物質的有：
1)消毒劑：如含氯制劑、重金屬、染料等
2)殺蟲藥：有機磷農藥、菊酯類等
3)抗菌藥：抗生素、磺胺等
5、環境污染：
農業污水(農藥、化肥等)、工業污水(重金屬、有機溶劑等)、生活污水、各種富營養化水質、空氣污染導致酸雨等各種有毒有害物質污染水源進入養殖區域，作為養殖水源使用。
6、營養過剩：
養戶追求高營養飼料，導致養殖動物無法充分吸收飼料營養，導致營養過剩，造成水質污染;同時，蛋白等營養過剩，增加動物排泄壓力，導致肝毒素、腸道毒素等累積。
7、酸性水質或堿性水質養殖動物的影響：
魚蝦養殖魚蝦適宜pH值在6.5—9.0，而最適宜的范圍為弱堿性，即pH值在7.0～8.5之間;pH值雖在安全范圍內，但當超出最適范圍時也會影響魚類的生命活動，從而影響到養殖的產量和效益;pH值超出一定范圍高限為9.5—10、低限為4～5會直接造成養殖水生生物的死亡。pH值還通過影響其它的環境因子而間接影響到魚類的生長。
8、其他
在養殖過程中，還有各種各樣的對養殖動物危害較大的因素(如：缺氧等);以及目前未能檢測到的未知危害因素。
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