接下來我主要簡單的講一下容器和工具的洗滌、消毒。
培藻過程中所有的容器和工具，比如錐形瓶、礦泉水桶、攪拌棒等必須經過去污漬、肥皂等刷洗，之后再用消毒后的蒸餾水沖洗3-4遍。
消毒的方法一般有加熱消毒法、化學試劑消毒法、紫外線消毒法。
一般小型儀器用加熱消毒法，比如錐形瓶，方法是在錐形瓶瓶口放一培養皿，瓶中加水，煮沸，煮沸完之后，用牛皮紙或紗布包住，備用，這種方法能殺死營養體的部分芽孢。
大型儀器、工具、培養池用化學藥品消毒（漂白粉、酒精、高錳酸鉀、鉻酸洗液等），漂白粉的有效氯含量一般是30-35%，漂白精的有效氯的含量是漂白粉的2倍，消毒時按1/10000-3/10000的含量配成水溶液，浸泡容器、工具半小時，再用消毒水沖洗3-4次（消毒水既是煮沸、沉淀、過濾其中的水）。
水泥池的消毒可配成高濃度的漿糊狀漂白溶液，淋灑池壁，半小時后用消毒水沖洗干凈。也可以用較低含量的漂白粉進行全池浸泡后，用消毒水沖洗，停放12小時后才可使用。
酒精消毒一般用于人為操作，如在活化藻種、搖瓶或者攪拌的時候，涂抹手，消毒小的儀器上使用。酒精一般是配置成70-75%左右，殺菌效果是最顯著的，使生物蛋白脫水變性凝固，故有殺菌效果。
最后還有海水的消毒，一般海水的消毒有過濾和加入化學消毒劑法
因為海水消毒主要用于三級培養，三級大規模培養時候主要用于殺滅有害生物，處理水必須無毒，對培養藻類的生長繁殖影響不大。水消毒必須簡單、經濟、易行，不然大規模運水特別多的時候培藻成本會加大。
補充：消毒海水時可根據培養的目的和方式選用以下方法之一。1、加熱消毒法 經沉淀、過濾的海水，一般加溫至90℃左右維持5分鐘或達到沸騰即可。由于海水中的一些對藻類生長有促進作用的有機物在高溫時易遭破壞，所以加溫時間不宜太長。2、過濾除菌法 把經沉淀的海水先經砂濾，把大型生物和非生物雜質去除，再用陶瓷過濾罐過濾，除去微小生物。3、次氯酸鈉消毒法 按每立方米海水20毫克有效氯的量加入次氯酸鈉溶液，充氣10分鐘后停氣，經6~7小時消毒后，按每立方米水體25克的量加入硫代硫酸鈉，強充氣4~6小時，用硫酸-碘化鉀-淀粉溶液測試，若無余氯即可使用。4、紫外線消毒 有成型的紫外線消毒器可供選用。但此法不易殺滅較大的浮游動物。最好和過濾法結合使用。
