魚苗苗種退化是行業內普遍認同的事情。繁殖親本個體小、培育親本不重視、魚性成熟個體小型化、親本沒有跨區域交流、親本產卵、產精能力下降、近親繁殖、抗病力差、發病率高、成活率低、生長性能下降，這些都是苗種退化的常見表現。苗種退化后培育、運輸、投放水體后成活率下降。
2、魚苗感染鰓霉引起死亡
魚苗感染鰓霉而死亡，加上該病的隱蔽性，被診斷率不高，已經成為魚苗投放后大量死亡的主要原因。在池塘中常見的表現是：放苗后10～15天開始大量死亡，每天死亡數量可達到存量的10%以上，魚苗累計死亡率可達存量的80%以上。
苗種繁殖期持續陰雨、水溫偏低、光照弱等因素導致受精卵孵化時水溫低，孵化時間長，孵化率低，加上嚴禁使用孔雀石綠、鰓霉菌在環境中生存能力強等，使得苗種期鰓霉病高發，該病已對國內魚苗產業帶來嚴重打擊。
臨場診斷時有三個特征：
① 背鰭后、尾鰭前、魚背部有白點，較大的苗種肉眼可見，白點可能是血液阻塞、血管畸形等原因引起。
② 魚苗嘴巴常張開，喜歡靠近增氧氣頭、感覺魚缺氧，但水體溶氧檢測充足；凌晨1－5點死亡多，早晨看到較多死魚；魚死亡前獨游，多在水表面，跳躍或翻轉幾次急性死亡。
③ 魚卵孵化、脫膜困難、魚苗死亡率高。尤其是第 1 個特征出現時，嚴重懷疑是魚苗期鰓霉病。通過顯微觀察的方法確診，因魚苗期苗種比較小，鰓部發育不全，觀察鰓霉需要耐心。
鰓霉病難以準確診斷的原因：
① 對此病沒有足夠的認識，認為此病發生率很少。
② 鰓霉病和水霉病分不清楚，認為高溫期不會有鰓霉病。
③ 教科書和魚病圖譜上描述不多，圖片不多。
④ 判斷該病需要顯微鏡觀察仔細。
⑤ 現在很多魚病診斷場所是顯微鏡連著電視，低倍物鏡、低端攝像頭搭配電視，造成電視顯示失真，很多電視顯示時紅色和黑色顏色銳利度差，多只能顯示黑白色，難以判斷。此病確診時不要使用電視設備，最好用肉眼通過目鏡觀察鰓絲顏色。
3、魚苗寄生蟲感染
苗種期間多發的寄生蟲有：車輪蟲、斜管蟲、波豆蟲、隱鞭蟲、指環蟲、三代蟲。
原蟲類的車輪蟲、斜管蟲、波豆蟲、隱鞭蟲，多寄生于鰓絲，繁殖速度快，騷擾魚苗，引起魚苗不適，可導致魚類死亡，多以顯微鏡鏡檢確診。例如車輪蟲數量多時，鰭、頭部、體表有時出現一層白翳，在水中尤為明顯；病魚體表和鰓黏液增多，成群沿池邊狂游，不攝食，呈跑馬現象，可導致魚類死亡。
吸蟲類的指環蟲、三代蟲多寄生于鰓絲，繁殖速度相對原蟲慢，但單條的危害大，可大量吸血，以顯微鏡鏡檢確診。常導致魚苗瘦弱，多器官衰竭死亡。
出苗運輸前抽樣鏡檢，發現有寄生蟲，及時殺滅，可大幅提高魚苗投放水體后的成活率。
