目前我國用于鰻魚 養殖的苗種主要為中華鰻鱺(本地苗)、歐洲鰻鱺、美洲鰻鱺及花鰻鱺等,至于澳洲鰻鱺、馬來鰻鱺尚少有成功養殖的先例。 一般而言,早發的白苗生長優勢明顯優于中后期的苗種;中華鰻鱺是最優的品種,生長快,存活率高,抗逆性強,病害少,個大味美,尤以早發苗為“金苗”;歐洲鰻在我國養殖成功,積累了豐富的經驗,但其生長速度不及中華鰻鱺,對高溫及病蟲害的抵御能力較差,存活率較低,生長周期相對較長。而且,如今歐洲苗年產資源銳減,已成為華盛頓條約保護物種,今后苗種資源可能會成為鰻魚養殖發展的一個新瓶頸。美洲苗養殖近年在福建、江西等部分地區養殖獲得成功,但量不大,在含鹽的海邊養殖,易得弧菌病、車輪蟲病,對其生物學特性認識還非常膚淺,對一些殺蟲藥物的應激反應比歐洲苗更敏感,其養殖的技術還未成規范;花鰻鱺養殖規模有擴大之勢,但其生物學、生態學知識尚欠缺,要利用開發則存在較大難度;花鰻苗在溯流捕撈時,易混有同批次發海的菲律賓、馬來西亞苗, 種苗的區分剔除難度大,混有的其它苗種一旦比例高,會給花鰻鱺的養殖者帶來巨大的損失。
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